國稅發[2002]10號文件規定，壹般納稅人遺失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，發票遺失前已通過防偽稅控系統認證的，購買單位可憑出售單位開具的遺失發票存根聯和出售方開具的“防偽稅控系統開具的增值稅專用發票納稅申報表復印件證明”抵扣進項稅額，並由購買單位主管稅務機關審核批準。
壹般納稅人遺失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，發票遺失前未通過防偽稅控系統認證的，由購買單位持出售單位開具的遺失發票存根聯到主管稅務機關進行認證。認證通過後，憑發票復印件和購買單位主管稅務機關審核批準的“銷售單位主管稅務機關開具的增值稅專用發票納稅申報表復印件證明”即可抵扣進項稅額。
目前沒有增值稅發票存根聯，可以用銷售單位開具的增值稅專用發票記賬。
而不是存根。