前年報稅的時候，稅務大廳抵扣了增值稅的進項，但是過了兩年半，稅務機關說我們沒有認證。

應該是先認證，當月再申請進項抵扣。因為認證系統和申報系統在底層是獨立的，只有數據傳到上層後才能有比對核對功能，所以妳說的“稅務機關當時申報時認可我們的進項稅”只是暫時收到申報。

現在妳需要先把這些以前的進項票找出來，看看有沒有經過稅務局的認證，然後再和稅務局商量處理意見。