烏魯木齊市國家稅務局稽查局的職責:貫徹稅務檢查規章制度，制定檢查工作的具體實施辦法；承擔“稅收違法案件舉報中心”的日常工作；承辦重大偷稅、漏稅、騙稅、抗稅案件；承辦涉稅刑事案件的移送；負責金稅工程調查業務的管理；負責稅務檢查證的管理；負責思想政治工作、精神文明建設、糾風和塑造工作；案件調查結束後，向稅源管理部門反饋檢查結果，定期提出征管建議；安排並組織實施專項檢查；負責上級交辦和相關部門移交的其他工作。
烏魯木齊市國家稅務局第壹稽查局、第二稽查局、第三稽查局、第四稽查局職責:負責本轄區內壹般涉稅案件的選案、偵查、審判和執行工作；負責調查和處理舉報案件；按規定向公安部門移送、報告涉稅刑事案件；負責重大疑難案件信息的上報和報送；負責上級交辦的專項檢查任務；負責違法案件的公告；負責向稅源管理部門反饋檢查結果，定期提出征管建議；負責審計檔案的建立、傳遞和歸檔；局領導交辦的其他工作。