武漢市地方稅務局直屬征收管理局
武漢市地方稅務局直屬征收管理局，為武漢市地方稅務局直屬副局級行政機構。負責市管和上級指定的重點稅源企業各項稅、費的征收管理工作；負責跨區域稅源企業稅、費的征收管理工作；承辦市地方稅務局駐市政府外商投資聯合辦公中心地稅窗口的各項工作；承辦上級交辦的其他事項。內設綜合管理處、征收管理壹處、征收管理二處、納稅服務處等4個處。截止2013年6月底，全局***有幹部職工52名。
武漢市地方稅務局稽查局
武漢市地方稅務局稽查局，為武漢市地方稅務局直屬副局級行政機構。實行“壹級稽查”管理體制，全面管理全市地方稅收稽查工作，查處偷稅、逃稅、抗稅和騙稅等違反稅收政策和法律法規的行為；負責對重點稅源企業進行系統審計檢查；負責對涉嫌存在稅收違法行為的特定納稅人進行檢查和處理；負責有計劃地組織對各經濟行業的稅收實施專項檢查；負責對納稅明顯異常的地區進行專項整治；負責打擊制售、使用假發票和虛開、非法代開發票等違法行為；負責受理稅務違法案件的舉報和協調稅務稽查中的司法保衛和公安案件移送工作；承辦上級交辦的其他事項。
內設綜合管理處、稽查選案處（舉報中心）、稽查審理處、執行督導處、稽查壹處、稽查二處、稽查三處、稽查四處等8個處。截止2013年6月底，全局***有幹部職工210名。