對於高速公路收費發票，按照以下公式抵扣增值稅:高速公路收費可抵扣進項稅額=高速公路收費發票上註明的金額÷ (1+3%) × 3%。
使用ETC卡或用戶壹卡通行進行道路收費、繳納通行費的客戶，可從實際收費後第10個自然日(遇法定節假日順延)起登錄發票服務平臺，選擇相應的收費記錄，獲取通行費電子發票；客戶充值後可實時登錄發票服務平臺，選擇相應的充值記錄，即可獲得通行費電子發票。
擴展數據:
關於收費公路通行費增值稅電子普通發票相關要求的規定:
1.客戶充值後不索要免稅發票，但實際收費後索要發票的，可通過經營性收費公路部分，在發票服務平臺上獲取收費公路經營單位開具的稅務發票；
通過政府還貸收費公路部分，在發票服務平臺上取得ETC客服機構臨時開具的免稅發票。
2.未辦理ETC卡或用戶卡的現金客戶，暫按原方式繳納過路費、獲取票據。
使用ETC卡或用戶壹卡通行進行道路收費、繳納通行費的客戶，可從實際收費後第10個自然日(遇法定節假日順延)起登錄發票服務平臺，選擇相應的收費記錄，獲取通行費電子發票；
交通部-中華人民共和國國家稅務總局、交通運輸部關於收費公路電子收費增值稅的通知。