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單位代扣的補充養老保險按照文件規定交的不用交個人所得稅，超過比例部分交個稅。可以參見《國家稅務總局關於企業發放補充養老保險金征收個人所得稅問題的批復》
壹下是文件全文，您可以不用再去查文件：
國家稅務總局關於企業發放補充養老保險金征收個人所得稅問題的批復
（國稅函〔1999〕615號）
吉林省地方稅務局《關於郵電系統發放職工補充養老保險金征收個人所得稅的請示》收悉，經研究，現批復如下：
妳省郵電系統將1998年實行工效掛鉤以來形成的結余工資，以每人3000元的標準發放給在職工及離退休人員，作為補充養老基金。根據現行個人所得稅法和《財政部、國家稅務總局關於住房公積金、醫療保險金、養老保險金征收個人所得稅問題的通知》（財稅字〔1997〕144號）的規定，職工取得的該筆所得應按照“工資、薪金所得”應稅項目計算繳納個人所得稅。具體征稅辦法為：
壹、對在職職工取得的該筆所得，應全額計入發放當月個人的工資、薪金收入，合並計征個人所得稅。
二、對離退休職工取得的該筆所得，應單獨作為壹個月的工資、薪金收入，按稅法規定計征個人所得稅。
1999年9月16日