1.首先需要向開店所在地的市級藥品監督管理機構或者省、自治區、直轄市人民政府藥品監督管理部門直接設立的縣級藥品監督管理機構提出申請，取得《藥品經營許可證》；
2.領取許可證後，需要到工商局辦理營業執照、稅務登記證、衛生許可證、健康證；
3.作為藥店，經營者也需要實施GSP認證。所謂GSP是指藥品經營的質量管理，藥店需要按照GSP模式經營；
4.其經營的藥店含有保健食品的，還需向藥品監督管理部門申請保健食品經營許可證；如果涉及醫療器械，需要辦理醫療器械經營許可證。
根據《中華人民共和國藥品管理法》第五十壹條。
從事藥品批發活動，應當經省、自治區、直轄市地方人民政府藥品監督管理部門批準，取得《藥品經營許可證》。從事藥品零售活動，應當經縣級以上地方人民政府藥品監督管理部門批準，取得《藥品經營許可證》。沒有《藥品經營許可證》，不得經營藥品。
《藥品經營許可證》應當註明有效期和經營範圍，到期重新審核發證。藥品監督管理部門實施藥品經營許可，除應當符合本法第五十二條規定的條件外，還應當遵循方便群眾購買藥品的原則。