企業只有在發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務終止等情形但不符合發票作廢條件或者銷貨部分退回及發生銷售折讓才能開具紅字發票，企業有紅字發票時，根據規定，企業需按規定逐月申報抵減，網上辦稅平臺對附表壹的第9列、第10列保存時校驗不可為負。申報填寫方法如下：
1、沖減紅字發票後銷售額大於等於零的，納稅人按照現行方式完成納稅申報計算分配應納稅額;
2、沖減紅字發票後銷售額小於零的，納稅人按照“應稅貨物及勞務”和“應稅服務”對紅字發票進行分類，分別沖減“應稅貨物及勞務”和“應稅服務”銷售額，其中小於零的銷售額，進行零申報，當期未沖減完的，下期繼續沖減。因沖減紅字發票導致“壹窗式”比對無法通過的，人工強行比對通過。
3、紅字發票沖減銷售額有余額的，納稅人應填寫紅字發票沖減銷售額臺賬，報主管稅務機關備案，以便下期繼續沖減。
4、如果少繳稅了就要補交稅款，同時要補交滯納金。