新疆維吾爾自治區國稅系統下轄18個地、州、市國稅局和109個縣（市、區）國稅局（分局），98個稅務分局（所）。尚有民豐、柯枰、伊吾、裕民、青河、吉木乃、阿合奇、塔什庫爾幹8個縣未分設稅務機構，由國稅代為履行地稅的征收職能。
自治區國稅局所屬機構：
1．伊犁哈薩克自治州國家稅務局
2．烏魯木齊市國家稅務局
3．塔城地區國家稅務局
4．阿勒泰地區國家稅務局
5．博爾塔拉蒙古自治州國家稅務局
6．昌吉回族自治州國家稅務局
7．哈密地區國家稅務局
8．吐魯番地區國家稅務局
9．巴音郭楞蒙古自治州國家稅務局
10．阿克蘇地區國家稅務局
11．克孜勒蘇柯爾克孜自治州國家稅務局
12．喀什地區國家稅務局
13．和田地區國家稅務局
14．克拉瑪依市國家稅務局
15．石河子國家稅務局
16．阿拉爾國家稅務局
17．圖木舒克國家稅務局
18．五家渠國家稅務局
所屬機構中，除伊犁哈薩克自治州國家稅務局為副廳級外，其余十七個地州市國家稅務局級別為正處級。