新疆維吾爾自治區國家稅務局設2個直屬機構，級別為正處級。 負責全區國稅系統石油稅收的征收管理；負責全區國稅系統石油稅收的政策管理和政策調研工作；負責制定全區石油稅收的征收管理辦法；負責對所屬機構石油稅收政策和具體征管辦法執行情況的檢查；負責對跨地區石油增值稅劃撥入庫工作進行審批；負責對石油稅收的征收入庫和跨地區石油增值稅稅款的劃撥入庫工作進行檢查；負責對石油稅收的稅源進行監控，對石油稅收計劃完成情況進行考核管理；負責協調跨地（州、市）涉油地區國稅局之間的工作關系及石油征收管理範圍的界定；負責協調石油企業與跨地區石油稅收重大問題的工作關系；負責石油稅收業務培訓工作。
直屬稅務局下設南疆直屬稅務分局、北疆直屬稅務分局、東疆直屬稅務分局，級別為正科級。