市局機關內設辦公室、人事科、計劃財務科、監察審計室、宣傳教育科、政策法規科、征收管理科、流轉稅科、所得稅科、財產行為稅辦公室等10個科室和機關黨委；下設信息中心、培訓中心、後勤服務等3個事業單位。市局下設稽查局、直屬分局、涉外分局、衛濱區局、紅旗區局、牧野區局、鳳泉區局、開發區局、工業園區局、輝縣市局、衛輝市局、新鄉縣局、獲嘉縣局、原陽縣局、延津縣局、封丘縣局、長垣縣局和發票管理局。主要負責征收：營業稅、企業所得稅、個人所得稅、城市維護建設稅、房產稅、車船使用稅、土地增值稅、資源稅、印花稅、城鎮土地使用稅、教育費附加、文化事業建設費、發票工本費、稅務登記證費、殘疾人就業保障金、價格調節基金、工會經費等十七種地方稅費。
自成立以來，我局以組織收入為中心，積極貫徹國家各項稅收政策，充分發揮地方稅收的職能作用，堅持從嚴治稅、從嚴治隊，地稅收入持續高速增長，累計組織地方稅收135.93億元，年均增長17.6%，為新鄉社會經濟的健康發展起到了積極的促進作用。先後榮獲省級以上榮譽20項，市級榮譽65項，多次被省地稅局、市委、市政府授予“目標管理優勝單位”、“黨風廉政建設先進單位”，全系統17個單位全部進入“省級文明單位”行列,輝縣市局、市局稽查局、衛濱區局先後榮獲“全國稅務系統先進集體”榮譽稱號。