1、內涵不同：政府部門、行政單位是國家機關，而事業單位是實施政府某項公益服務的部門，是社會服務組織。
2、擔負的職責不同：政府部門、行政單位是負責對國家各項行政事務進行組織、管理和指揮；而事業單位是為了社會的公益目的從事教育、文化、衛生、科技等活動。
3、編制和工資待遇的來源不同：國家部門、行政單位使用行政編制、由國家行政經費負擔。事業單位使用事業編制，由國家事業經費負擔。事業單位由全額撥款的，有部分撥款的，還有事業單位企業化管理的。行政單位人員的工資按《公務員法》由國家負擔，而事業單位則根據不同的管理模式實行不同的待遇。 行政單位或事業單位根據根據工作性質，也有具有行政事業編制的非公務員的人就職，壹般是從事後勤保障的工勤人員，他們的待遇除職權不同外，收入和公務員完全壹致。