2.提高管理效率:內部控制制度通過明確各部門、各崗位的職責權限，規範工作流程，加強內部監督，消除管理盲點和漏洞，提高單位整體管理水平，提高工作效率。
3.促進單位規範運作:內部控制制度有助於單位建立權責明確、決策科學、執行高效、監督有力的管理體系，實現運作的規範化、制度化、法制化，從而提高單位的公信力和競爭力。
4.有效防控風險:內部控制制度能夠幫助行政事業單位及時發現和識別潛在風險，采取相應的控制措施，有效防範和降低各類風險，為單位的長遠發展提供保障。
5.推進廉政建設:內部控制制度有助於提高行政事業單位廉政建設水平，規範黨員幹部行為，遏制和糾正各種不正之風和腐敗現象，為單位營造良好的政治生態。