研發費用加計扣除本身不需要提交審計報告，但是對於特殊的事項，是需要的。根據國家稅務總局關於印發〈企業研究開發費用稅前扣除管理辦法[試行]〉的通知》（國稅發[2008]116號）第十三條規定，主管稅務機關對企業申報的研究開發項目有異議的，可要求企業提供政府科技部門的鑒定意見書。