1.發票的打印要求不同:
根據新征管法第二十二條的規定，增值稅專用發票由國務院主管稅務機關指定的企業印制；其他發票由省、直轄市國家稅務局、地方稅務局按照國務院主管部門的規定指定的企業印制。未經前款規定的稅務機關指定，不得印制發票。
2.發票中使用的實體是不同的:
增值稅專用發票壹般只能由增值稅壹般納稅人購買和使用。小規模納稅人需要使用的，經稅務機關批準後，由當地稅務機關開具。普通發票可供各類從事經營活動並辦理稅務登記的納稅人購用。未辦理稅務登記的納稅人也可以向稅務機關申請領購和使用普通發票。
3.發票的內容不同:
增值稅專用發票不僅包括購貨單位、銷售單位、貨物或者服務的名稱、貨物或者服務的數量和計量單位、單價和合價、開票單位、收款人和開票日期，還包括納稅人的稅務登記號、不含增值稅的金額、適用的稅率和應繳納的增值稅。
參考資料:
百度百科-增值稅專用發票