納稅人在網上勾選認證的操作方法如下：
1.登陸當地的增值稅發票選擇確認平臺。
2.登陸個人的證書密碼，然後點擊登陸。在網頁頂部欄選擇確認勾選。
3.選擇未勾選的發票，可以看到賬戶下還未勾選確認的發票。
4.點擊需要勾選的發票，然後確認發票信息後點擊確認即可勾選成功。
擴展資料：
發票勾選知識：
1、勾選認證不再限制於納稅信用A級、B級、C級、M級的增值稅壹般納稅人，而是擴大到所有壹般納稅人（包括D級）。
2、壹般納稅人發票勾選認證，是指網上認證增值稅進項發票，只要當月還未進行納稅申報，則本月取得的進項發票也可進行勾選認證。
3、如果納稅人無法確定是否屬於可以勾選方式抵扣的單位，可以在電腦上連接好金稅盤或稅控盤，登陸增值稅發票查詢平臺，按照流程指引及檢測環境（在平臺頁面右上角）操作後，錄入金稅盤或稅控盤的證書密碼進行登錄，如果登錄成功，則說明可以使用勾選抵扣法。
參考資料：