地方稅務機關負責企業所得稅(2002年以前註冊的企業，包括企業改制分立後重新註冊的企業)、個人所得稅(銀行利息個人所得稅由國稅征收)、資源稅、印花稅、城市維護建設稅、房產稅、城鎮土地使用稅、耕地占用稅、契稅、土地增值稅、車船稅、煙草稅的征收管理。
國家稅務總局近日發布《關於委托地方稅務機關代征稅款並開具增值稅發票的公告》(國家稅務總局公告2016第19號)，明確營業稅改征增值稅後，地方稅務機關將繼續接受納稅人申報納稅並為其銷售和其他個人出租的不動產開具增值稅發票，方便納稅人納稅。
地方稅務機關也負責根據相關法律法規的規定收取部分費用。到目前為止，地稅部門征收或代收的費用有:教育費附加、地方教育附加、殘疾人保障基金、水利建設基金、文化事業建設費、社會保險費、工會經費等。
根據中華人民共和國財政部、國家稅務總局有關規定，試點納稅人開展應稅活動，按照國家有關營業稅政策征收營業稅的，因取得的價外費用總額不足以抵扣允許扣除額的， 納入營改增試點之日前未扣除的部分，在計算試點納稅人應稅銷售額時不得扣除，並向原主管地方稅務機關申請退還營業稅。