由公司代扣代繳的稅包括以下：
個人所得稅中，個人所得稅以支付所得的單位或者個人為扣繳義務人。
增值稅中，境外的單位或個人在境內銷售應稅勞務而在境內未設有經營機構的，其應納稅款以代理人為扣繳義務人；沒有代理人的，以購買者為扣繳義務人。
營業稅中，委托金融機構發放貸款，以受托發放貸款的金融機構為扣繳義務人。建築安裝業務實行分包或者轉包的，以總承包人為扣繳義務人。
城市維護建設稅中，增值稅、消費稅、營業稅的代扣代繳、代收代繳義務人同時也是城市維護建設稅的代扣代繳、代收代繳義務人。
資源稅中，收購未稅礦產品的單位為資源稅的扣繳義務人。
消費稅中，委托加工的應稅消費品，由受托方在向委托方交貨時代收代繳稅款。
印花稅中，運費結算付方應繳納的印花稅，應由運費結算收方或其代理方實行代扣匯總繳納。運費結算憑證由交通運輸管理機關或其指定的單位填開或審核的，當地稅務機關應委托憑證填開或審核單位，對運費結算雙方應繳納的印花稅，實行代扣匯總繳納。
股份制試點企業向社會公開發行的股票，因購買、繼承、贈與所書立的股權轉讓書據，辦理股權交割手續的單位負有監督納稅人依法納稅的責任，並代征代繳印花稅稅款。