在稅收方面，私募股權投資基金的稅收優勢被認為是有限合夥制優於公司制的根本原因，但在證券投資領域，有限合夥制和信托基金的稅收負擔基本相同。《合夥企業法》第六條規定:“合夥企業的生產經營所得和其他所得，由合夥人按照國家有關稅收的規定分別繳納。”合夥企業本身不具備獨立的主體資格，不需要繳納企業所得稅。企業盈利時，普通合夥人和有限合夥人根據各自情況繳納所得稅。有限合夥人為企業法人的，其證券投資所得按其所屬企業級繳納企業所得稅；如果有限合夥人是個人投資者，根據相關規定，其證券投資收入只需向稅務機關申報，無需繳納所得稅。由於目前的私募基金管理人大多是企業法人，所以要求普通合夥人對經營私募基金和投資取得的收入繳納企業所得稅。同樣，信托產品本身也不是合格的納稅人，證券投資的收益需要根據投資者各自的法律主體地位繳納所得稅。也就是說，企業法人繳納企業所得稅，自然人不納稅。
此外，有限合夥需要繳納營業稅。雖然信托產品本身不需要繳稅，但是作為企業的資金管理人，還是需要繳納營業稅的。這樣，兩種模式下的營業稅負擔是相當的。
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