由於增值稅和企業所得稅是中央和地方稅收，
增值稅總收入的50%需要上繳中央，其余50%由地方自由支配；(即稅收總額的35%-45%)
企業所得稅也是如此，稅收總額的60%需要上交中央，剩下的40%由地方政府主導。(即總稅收的28%-36%)
所以有限公司的退稅是在地方留成的基礎上進行的。
法律依據:
中華人民共和國稅收征收管理暫行條例
第六條從事生產經營，實行獨立經濟核算，經工商行政管理部門核準開業的納稅人，應當自領取營業執照之日起30日內，向當地稅務機關申請辦理稅務登記。其他有納稅義務的單位和個人，除按照稅務機關的規定不需要辦理稅務登記的以外，應當自按照稅收法律、法規的規定成為法定納稅人之日起30日內，向當地稅務機關辦理稅務登記。
第八條納稅人申請稅務登記時，應當提交申請登記報告和相關批準文件，並同時提供相關證明。主管稅務機關對前款所列報告、文件、證件進行審核後，予以登記，並發給稅務登記證件。稅務登記證僅供納稅人使用，不得轉借或轉讓。稅務登記的內容包括:納稅人的名稱、地址、所有制形式、隸屬關系、經營方式、經營範圍及其他相關事項。