因受客觀條件等限制，余姚市行政服務中心除本部外，先後設立了分中心4個：交警大隊分中心、國家稅務局分中心、農業機械管理總站（局）分中心、出入境分中心（2015年新設）。
2010年4月，為支持余姚市泗門鎮的衛星城市建設，經市政府批準，余姚市審管辦在泗門鎮設立了余姚市行政審批管理辦公室泗門分中心，為市審管辦的派出機構，負責泗門鎮轄區範圍內的行政審批和服務的管理工作。