1、車船稅發票尚未開具：在車船稅繳納後，相關稅務機關需要進行發票開具，需要壹定的時間才能完成開具過程。在開具完成後，您就可以在電子稅務局上查詢到該發票。
2、查詢條件輸入錯誤：在使用電子稅務局查詢車船稅發票時，需要輸入正確的查詢條件，如納稅人識別號、發票代碼、發票號碼等。如果輸入的條件有誤，會導致查詢不到發票。
3、系統故障：有時候，由於系統維護或其他原因，電子稅務局會出現故障，導致無法查詢到車船稅發票。您可以稍後再次嘗試查詢，或者聯系相關稅務機關進行咨詢和處理。