雲南省國家稅務局成立於1994年，機構設置、幹部管理、人員編制、經費開支由國家稅務總局垂直管理，屬於正廳（局）級國家機關，省局機關內設25個處級機構（辦公室、人事處、教育處、監察室、巡視工作辦公室、機關黨委辦公室、機關工會、離退休幹部處、貨物和勞務稅處、所得稅處、征管和科技發展處、納稅服務處、收入規劃核算處、財務管理處、督察內審處、政策法規處、大企業和國際稅務管理處、稽查局、信息中心、機關服務中心、稅收科學研究所、註冊稅務師管理中心、稅務學會、雲南省稅務幹部學校、《中國稅務報》社駐雲南記者站），下設16個州、市國家稅務局，137個縣、市、區國家稅務局和215個稅務分局。