按發票金額的7%計算可以抵扣的進項，然後按發票金額的93%來計入運費的成本。
現在約定的金額*（1+7%）就是開票金額。運費抵扣是按運費發票的金額*7%。
流公司如果在營改增之前，他繳納的稅和取得發票的壹方抵扣的稅額是不壹致的。例如100元的運費，獲得發票的壹方可以抵扣7元的稅，支付93元的成本。而對於物流公司來說。
他要交100*3.3%=3.3元的營業稅。並不是按照93%去倒推，因為運費抵扣實際上是國家稅務上的壹個補貼，相當於出票方繳納3%的稅，而支付方獲得7%的抵扣。
但是在營改增之後，運輸業的費率改為11%，那樣的話就是屬於雙方的稅率相同了，但是計算方法就不是倒推了。
稅率，是對征稅對象的征收比例或征收額度。稅率是計算稅額的尺度，也是衡量稅負輕重與否的重要標誌。中國現行的稅率主要有比例稅率、超額累進稅率、超率累進稅率、定額稅率。
即對同壹征稅對象，不分數額大小，規定相同的征稅比例。中國的增值稅、營業稅、城市維護建設稅、企業所得稅等采用的是比例稅率。
參考資料:百度百科-稅率