收入方面：主要是查該入帳的是否全部入帳，特別是往來款項是否還存在該確認為收入而沒有入帳。
成本方面：主要是成本結轉與收入是否匹配，是否有多結轉的情況存在。
費用方面：主要是計提項目是否符合規定，是否有多提情況存在（特別是與工資有關的項目），列支渠道是否正確（特別是與福利費項目有關的），按實扣除項目是否計算正確（特別是招待費項目）。
繳稅方面：除主稅種要核查外，還有其他的小稅種是否都已按規定繳納，如房產稅、車船使用稅、印花稅、土地使用稅等等。
稅務部門每年檢查的重點不壹樣，事先知道更有針對性的做好自查，有不清楚的地方，要提前做好說明的準備。再者就是要配合好稅務部門開展工作，態度也是很重要。