關於增值稅壹般納稅人遺失增值稅專用發票開具防偽稅控系統有關稅務處理的通知》(國稅發〔2002〕10號)規定進行處理。即:
1.壹般納稅人遺失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，發票遺失前已通過防偽稅控認證系統認證的， 采購單位可憑銷售單位開具的遺失發票存根聯和銷售方當地主管稅務機關開具的《增值稅壹般納稅人遺失防偽稅控系統增值稅專用發票納稅申報表復印件證明》(格式附後)，經采購單位主管稅務機關審核，作為增值稅進項稅額抵扣的合法憑證，抵扣進項稅額。 壹般納稅人遺失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，發票遺失前未通過防偽稅控認證系統認證的，由購買單位持出售單位開具的遺失發票存根聯到主管稅務機關進行認證。認證通過後，憑發票復印件和購買單位主管稅務機關審核批準的“銷售單位當地主管稅務機關開具的增值稅專用發票納稅申報表復印件證明”即可抵扣進項稅額。
2.壹般納稅人丟失防偽稅控系統開具的增值稅專用發票時，必須及時向當地主管稅務機關申報，稅務機關應核查所申報丟失的發票是否已申報抵扣，並按照相關法律法規對納稅人弄虛作假行為進行處理。
二、超過90天的增值稅發票不能辦理紅字發票，即不能認證抵扣。