造成這種差異的原因是，納稅人的發票小數點後兩位會四舍五入，開票系統中總稅額的計算方法是每張發票的稅額之和，而增值稅申報表中的計算公式是:稅額=總銷售額*適用稅率，所以會有幾分錢的差距。
擴展數據:
如果有幾毛錢的差額不能申報，會根據實際情況在申報系統中手工修改銷售額，使申報稅額與開票系統中的總稅額壹致。
納稅人必須依照法律、行政法規的規定或者在稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的期限和內容內如實辦理納稅申報，並根據實際需要報送納稅申報表、財務會計報表和稅務機關要求的其他納稅資料。
百度百科-納稅申報