公司的納稅申報流程是:每月十日前，到主管稅務局征收處申報納稅，填寫增值稅申報表。增值稅的申報方式包括手工申報、IC卡申報和網上申報。手工申報和IC卡申報都需要向當地稅務機關申報，而網上申報只需要在網上下載相關申報表，填寫完整後上傳即可。
法律依據:
《中華人民共和國稅收征收管理法》第二十五條納稅人必須按照法律、行政法規的規定或者稅務機關依照法律、行政法規的規定確定的申報期限和內容，如實辦理納稅申報，報送納稅申報表、財務會計報表以及稅務機關根據實際需要要求報送的其他納稅資料。