鎮江市國家稅務局所屬丹陽市國家稅務局、句容市國家稅務局、揚中市國家稅務局、丹徒區國家稅務局為全職能局，按照行政區劃設置。其內設機構數量均為6個，為正股級；直屬機構：稽查局，為正股級；事業單位：信息中心，為正股級。派駐機構：較大縣的城區、大企業所在地、管轄5個以上鄉鎮的設置為稅務分局，為副科級，***計27個（其中丹陽市局9個、句容市局6個、揚中市局5個、丹徒區局7個。
成立鎮江經濟開發區國家稅務局，級別為副處級，仍按分局進行管理，其內設機構為6個。