從上述規定可以知道，企業整體資產轉讓涉及貨物所有權轉讓的，征收增值稅，但企業產權轉讓不征收流轉稅。因此，企業整體資產轉讓和企業產權轉讓屬於不同的概念。企業整體資產轉讓的主體是企業，交易對象是企業的資產，而企業產權轉讓的主體是企業的產權，性質上屬於股權轉讓，但股權轉讓不征收流轉稅，兩者屬於不同的交易形式。
《中華人民共和國國家稅務總局關於企業股權投資業務若幹所得稅問題的通知》(國稅發[2000]118號)也規定，企業整體資產轉讓，原則上應劃分為公允價值的全部資產和投資兩項經濟業務進行所得稅處理，並按規定計算確認資產轉讓的利得或損失。只有在非股權支付金額不高於股權支付金額的情況下，因此，企業整體資產轉讓涉及貨物所有權轉移的，仍屬於資產轉讓行為，無論股權支付金額占多大比例，均應照章征收增值稅。