根據《財政部中華人民共和國國家稅務總局關於證券投資者保護基金有關營業稅問題的通知》(財稅[2006]172號)第二條規定，“證券公司繳納的證券投資者保護基金，允許在其營業稅應稅營業額中扣除。”此外，根據《中華人民共和國營業稅暫行條例》第六條規定:“納稅人按照本條例第五條規定扣除有關項目，取得的憑證不符合法律、行政法規或者國務院稅務機關的有關規定的，不得扣除該項目的金額。”因此，證券公司按營業收入比例提取的證券投資者保護基金不能扣除，只能在實際上繳時扣除。是由分行抵扣還是由總部統壹抵扣，要由實際機構決定。
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