稅務部門職責：會同有關部門制定城鄉居民“兩險”征收管理制度；做好城鄉居民“兩險”的申報受理、費款征收、社保費會統核算、稅庫銀對賬等工作；將征繳明細信息及時傳遞給相關部門；參與城鄉居民“兩險”預算制定、征收政策制定和調整；配合開展城鄉居民“兩險”擴面參保工作；商同級財政、國庫部門確定國庫經收處業務辦理具體事宜。
人社、醫療保障部門職責：會同有關部門制定和調整城鄉居民“兩險”征繳政策；辦理城鄉居民“兩險”登記，負責繳費人政策性補繳費額核定，並將信息及時傳遞給稅務部門；協調有關部門做好各級財政補助資金的劃撥和核算；做好繳費人權益記錄；負責退費業務的辦理；負責社保基金會統核算；負責城鄉居民“兩險”擴面參保。
財政部門職責：對賬戶資金劃撥情況進行監管；負責城鄉居民“兩險”資金及時匯總劃轉至相應財政專戶；按照人社、醫保部門提交的退費用款計劃，將退費金額劃撥至人社或醫保部門的基金支出戶。