2、成本較高，中小企業無力承擔。眾所周知中小型企業的底子相對較薄，難以推進稅收籌劃工作的進展。另外稅收籌劃操作的專業性要求極高，需要有專業的團隊或者自身稅務師來實施，這樣可以有效地降低風險，對於中小型企業來說，如果花費資金組建財稅團隊，這可能有點因小失大。
3、方案制定缺乏專業性。企業在開展稅收籌劃的時候，需要制定專業的稅收籌劃方案，畢竟這樣可以確保籌劃的可行性，而中小型企業的財務人員專業素質不是很高，同時自身知識水平和經驗也有限，所以在制定方案時，難以保證方案的專業和可行性。需要註意的是：稅收籌劃方案的可行性和專業性得不到保證，那麽不僅發揮不出籌劃應有的價值之外，還會給企業帶來不必要的經濟損失，甚至可能回收稅務部門的行政處罰。