國家稅務局是行政單位，不是事業單位(國家稅務局下設的學校、培訓中心等才是事業單位)。國家稅務局實行中央、省、市縣的垂直領導體制。1994年實行分稅制改革時，將原來的稅務局分設為國家稅務局和地方稅務局。
民間有要求將國家稅務局與地方稅務局合並的呼聲。國家稅務局主要負責征收中央稅以及中央與地方***享稅等稅收，地方稅務局主要負責征收地方稅等(詳細分工略)。國家稅務局與北京的國家稅務總局是兩個不同的概念。