2.甲要繳納5000萬*20%*0.005%=5000元；乙要繳納5000萬*10%*0.005%=2500
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1、雖然股權有瑕疵，但是該股東仍擁有股權，也就可以對股權進行轉讓。但是轉讓瑕疵股權的股東所負的出資義務並不隨股權轉讓而消失，除非股權出讓人與受讓人之間有約定，否則出讓人仍有補足出資的義務。
2、《辦法》對股權轉讓收入的規定可概括為以下三個方面：
（1）股權轉讓收入是指轉讓方因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益。
（2）轉讓方取得與股權轉讓相關的各種款項，包括違約金、補償金以及其他名目的款項、資產、權益等，均應當並入股權轉讓收入。
（3）納稅人按照合同約定，在滿足約定條件後取得的後續收入，應當作為股權轉讓收入。
法律依據：《關於發布 <股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）>的公告》第二十條規定：“具有下列情形之壹的，扣繳義務人、納稅人應當依法在次月15日內向主管稅務機關申報納稅：（壹）受讓方已支付或部分支付股權轉讓價款的；（二）股權轉讓協議已簽訂生效的；（三）受讓方已經實際履行股東職責或者享受股東權益的；（四）國家有關部門判決、登記或公告生效的；（五）本辦法第三條第四至第七項行為已完成的；（六）稅務機關認定的其他有證據表明股權已發生轉移的情形。”