自然人電子稅務局個稅匯算清繳的操作流程如下：
1、準備申報。打開個人所得稅客戶端，點開首頁常用業務，綜合所得年度匯算；
2、確認信息。對界面顯示的個人基礎信息、匯繳地、已繳稅額進行查看、確認；
3、提交申報。納稅人對相關信息確認無誤後，點擊提交申報；
4、申請退稅。點擊申請退稅後，納稅人需選擇退稅銀行卡。
二、分析詳情
個人所得稅是以個人自然人取得的各項應稅所得為對象征收的壹種稅，是調整征稅機關與自然人之間在個人所得稅的征納與管理過程中所發生的社會關系的法律規範的總稱。
三、如何申報自然人所得稅？
1、辦稅服務廳接收納稅人申報資料信息，核對資料信息是否齊全、是否符合法定形式、填寫內容是否完整、是否與稅收優惠備案審批信息壹致；
2、為納稅人提供申報納稅辦理指引，輔導納稅人申報納稅；
3、納稅人通過財稅庫銀電子繳稅系統、銀行卡或現金等方式繳納稅款，辦稅服務廳應按規定開具完稅憑證；
4、辦稅服務廳人員在相應納稅申報表上簽名並加蓋業務專用章，壹份返還納稅人，壹份作為資料歸檔，壹份作為稅收會計核算的原始憑證。