1、申報主體與方式，綜合所得年度自行申報是由納稅人個人根據自身的實際情況，在年度結束後自行匯總並申報全年綜合所得。這種方式要求納稅人自行核算所得，並填寫相應的稅務申報表格。而通過扣繳義務人申報則是由扣繳義務人（如企事業單位等）根據納稅人的所得情況，在每個月或每個季度進行預扣預繳，代為申報個人所得稅。
2、享受稅收優惠時間，通過扣繳義務人申報的方式，納稅人可以在每個月或每個季度預扣預繳時提前享受到相應的稅收優惠政策。而綜合所得年度自行申報則是在年度結束後，經過匯算清繳，納稅人才能最終確定應繳納的稅款，並享受到相應的稅收優惠政策。
3、申報復雜程度，綜合所得年度自行申報需要納稅人自行匯總全年所得，並填寫申報表格，相對來說更為復雜。納稅人需要具備壹定的稅務知識和計算能力，或者尋求專業的稅務咨詢幫助。扣繳義務人申報則較為簡便，由扣繳義務人代為處理，減少了納稅人的操作難度。
4、適用人群，綜合所得年度自行申報更適合那些所得來源較為復雜、不穩定或自行核算更為準確的納稅人。通過扣繳義務人申報則更適用於那些所得來源較為單壹、穩定，且由單位代扣代繳更為方便的納稅人。