對於辦理工商登記的分支機構，壹般為增值稅獨立納稅人。就企業所得稅而言，可分為獨立核算分支機構和非獨立核算分支機構。
總機構與其分支機構之間的業務往來屬於增值稅征稅範圍的，應計算繳納增值稅，如上交管理費、調撥資金、倒賣物資等。不屬於增值稅征稅範圍的，不繳納增值稅，比如利潤。
獨立核算分支機構獨立繳納企業所得稅，核算其收入、成本、費用、損失等。以分行為納稅人。向總公司支付的管理費符合獨立交易原則的，可憑總公司開具的發票向分公司稅前收取；總機構據此確認企業所得稅收入。
稅後利潤上繳總公司的，不屬於增值稅的範圍，可以通過“利潤分配”科目直接核算，以總公司開具的收據作為記賬憑證。
非獨立核算的分支機構，與總機構合並繳納企業所得稅，或者適用總機構匯總納稅的規定。計算應納稅所得額時，總機構為納稅人。
無論分支機構向總公司繳納的管理費或利潤在會計上如何處理或核算，都不會影響總公司的應納稅所得額。