對轉移定價的限制主要來自兩個方面：(1)來自跨國公司內部。高低價格的利用，雖然能使公司整體利益達到最優化，但它以轉移部分子公司的經營實績為前提，在跨國公司管理實行高度分權的模式下，有些轉移定價的政策會受到壹些子公司的抵制。在國外的合資企業中．由於東道國壹方決策權力的存在，通過轉移定價以實現公司整體利益最優化更難辦到。為了解決公司集中管理與分散經營相對獨立的矛盾，大型跨國公司往往通過設置結算中心來進行統壹協調。(2)來自東道國政府。各國政府都很重視外國公司通過轉移定價來逃稅，因而通過稅收、審計、海關等部門進行檢查、監督，並在政策法規上采取壹系列措施，以消除通過轉移定價進行逃稅的現象。目前國際上普遍采用的是“比較定價”原則，即將同壹行業中某項產品壹系列的交易價格、利潤率進行比較，如果發現某壹跨國公司子公司的進口貨價格過高，不能達到該行業的平均利潤率時，東道國稅務部門可以要求按“正常價格”進行營業補稅。此外，很多國家政府還通過調整征稅方法，建立嚴格的審計制度．加強海關的監督管理等措施．防止或限制跨國公司對轉移定價的濫用。