1、合理性風險。因為分公司對開票總公司的貨物或服務往往沒有需要開發票的購買行為，僅存在財務管理的行為，因此稅務部門很有可能認定其發票不具備應稅行為，從而使稅務部門有理由追究主管人員的法律責任和罰款。
2、完整性風險。營改增後，分公司往往會遵從總公司制定的帳務規範和流程，但分公司收款發票很可能會漏掉，造成發票不完整，稅務部門處罰分公司的可能性更高。
3、專用發票風險。隨著企業管理的專業化，分公司支付款項時往往使用了總公司的專用發票而不是普通發票，稅務部門可能會對分公司使用專用發票對實繳稅收提出質疑，存在相關稅務風險。