池州市國家稅務局內設13個科室，級別為正科級，即辦公室、政策法規科、貨物和勞務稅科、所得稅科、收入核算科、納稅服務科（納稅服務中心）、征收管理科、財務管理科、人事科、教育科、監察室、大企業和國際稅務管理科、進出口稅收管理科，另設機關黨委辦公室、離退休幹部科；設2個直屬機構，即稽查局，級別為副處級，車輛購置稅征收管理分局，級別為正科級；設2個事業單位，級別為正科級，即信息中心、機關服務中心。下轄池州經濟技術開發區國家稅務局和九華山風景區國家稅務局，級別為副處級；池州市貴池區國家稅務局、東至縣國家稅務局、石臺縣國家稅務局、青陽縣國家稅務局，級別為正科級。