在壹個納稅年度內，納稅人發生的與基本醫保相關的醫藥費用支出，扣除醫保報銷後個人負擔（指醫保目錄範圍內的自付部分）累計超過15000元的部分，由納稅人在辦理年度匯算清繳時，在80000元限額內據實扣除。納稅人發生的醫藥費用支出可以選擇由本人或者其配偶扣除；未成年子女發生的醫藥費用支出可以選擇由其父母壹方扣除。納稅人及其配偶、未成年子女發生的醫藥費用支出，按本辦法第十壹條規定分別計算扣除額。享受大病醫療專項附加扣除的納稅人，由其在次年3月1日至6月30日內，自行向匯繳地主管稅務機關辦理匯算清繳申報時扣除。接提問舉例，全年大病醫保自付2萬，可在次年3月1日至6月30日內，進行匯算清繳時，享受大病醫療專項附加扣除5000元。匯算清繳時，如果由於增加專項附加扣除項目導致應納稅額減少（前提時預扣預繳時有已納稅額），可實現退稅。
從充分保障納稅人權益的角度出發，只要納稅人2019年度內已預繳稅額高於年度應納稅額，無論收入高低，無論退稅額多少，納稅人都可以申請退稅。