辦公室、政策法規處(大連市環境保護委員會秘書處)、計劃財務部、汙染物排放總量控制處、環境監測處、汙染防治處、環境影響評價處、自然生態保護處、輻射安全管理處、科技與環保產業處(國際合作處)、大氣環境管理處、人事處(黨委)。
根據有關規定，設立紀檢組和監察室(合署辦公)。