股權持有協議存在的風險有:
1.條款和條件不清楚。
2.實際投資者難以確立股東地位的風險。
4.名義股東侵害實際投資者利益的風險。
5.名義股東風險:實際出資人不履行出資義務時，如果債權人追索，名義股東需要在承諾的出資範圍內承擔出資償還義務，不能以不是實際出資人為由拒絕承擔責任。
6.未來股權轉讓的稅收風險。通常稅務機關不認可當事人因股權持有關系而主張股權轉讓未發生的說法，要求按公允價值計稅。
法律依據:《中華人民共和國民法典》第壹百五十三條違反法律、行政法規的強制性規定無效。但是，強制性規定不使民事法律行為無效的除外。違反公序良俗的民事法律行為無效。