1、代墊運費符合不作為價外費用處理的條件（即運費專用發票開具給購買方），可不並入銷售額計算增值稅，這種情形下掛往來賬即可款。
2、代墊運費不符合不作為價外費用處理的條件（即運費專用發票開具給銷售方），支付運費時銷售方將運費作銷售費用處理，專用發票註明的進項稅額可以抵扣。
《增值稅暫行條例》
第十二條
條例第六條第壹款所稱價外費用，包括價外向購買方收取的手續費、補貼、基金、集資費、返還利潤、獎勵費、違約金、滯納金、延期付款利息、賠償金、代收款項、代墊款項、包裝費、包裝物租金、儲備費、優質費、運輸裝卸費以及其他各種性質的價外收費。但下列項目不包括在內：
（壹）受托加工應征消費稅的消費品所代收代繳的消費稅。
（二）同時符合以下條件的代墊運輸費用：
1.承運部門的運輸費用發票開具給購買方的；
2.納稅人將該項發票轉交給購買方的。第六條
納稅人的下列混合銷售行為，應當分別核算貨物的銷售額和非增值稅應稅勞務的營業額，並根據其銷售貨物的銷售額計算繳納增值稅，非增值稅應稅勞務的營業額不繳納增值稅；未分別核算的，由主管稅務機關核定其貨物的銷售額：
（壹）銷售自產貨物並同時提供建築業勞務的行為；
（二）財政部、國家稅務總局規定的其他情形。