1，確定責任。在與公司代理記賬機構合作中出現報稅遺漏時，責任在代理記賬機構。責任確定後，罰款等費用全部由客戶承擔，由公司代理記賬機構負責處理；如果責任在記賬代理人，由記賬代理人負責罰款。
2.去稅務局處理。確定責任後，公司對接會計去地稅局辦理，先交罰款，再去相關窗口補充申報。
3.賠償損失。最後，如果客戶有壹定損失，責任在記賬代理人，公司負責人會賠償客戶所有損失。這種責任賠償壹般都寫在合同裏，所以簽合同的時候壹定要仔細核對。如果沒有這種責任確認條款，壹定要要求補充，以免後續出現任何問題。