1、呈現方式不同。紙質發票是以紙質方式呈現的，電子發票是以數字方式呈現的；
2、保存的方式不同。紙質發票是需要好好保存紙質發票，電子發票只要保存好電子檔就可以了，必要的時候再進行打印，不會因為丟失紙質的找不到備份；
3、開票成本。與傳統紙質發票相比，電子發票管理系統可以在線開票，節省發票工本費、稅控機成本以及相關人力成本。
法律依據：《中華人民***和國發票管理辦法》第三條
本辦法所稱發票，是指在購銷商品、提供或者接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。
發票報銷需要註意哪些問題
1、遵循實事求是，準確無誤的原則，有明確的發生原因、費用項目、發生時間、地點、金額及報銷人、審批人；
2、報銷的費用項目、報銷標準和報銷審批程序符合企業制度的規定；
3、報銷人取得相應的報銷單據，且報銷單據上面經辦人、驗收證明人、審批人簽名齊全，報銷單據所附原始憑證應是稅務機關認可的合法、完整、有效憑證；
4、報銷單據的填寫及原始憑證的黏貼需符合會計工作基本規範的要求；
5、報銷單據填寫應根據費用性質填寫對應單據。