電子稅務局提供“證書登錄”和“密碼登錄”兩種方式。納稅人登錄電子稅務局時，將稅控盤、金稅盤等稅控設備插入電腦，使用“證書登錄”後，電子稅務局自動完成校驗，可直接登錄服務平臺，無需重復登錄；稅控設備不在身邊的納稅人，使用“密碼登錄”方式進入電子稅務局，點擊“增值稅發票綜合服務平臺”模塊，完成實名身份認證後，也可直接登錄服務平臺，實現“無盤”辦理發票業務。
證書登錄：使用稅控盤、金稅盤登錄時，首先使用證書密碼登錄，登錄成功後選擇辦稅人員，並輸入辦稅人員密碼。證書登陸以後，需要輸入辦稅人員密碼。