如果是在同壹個區域的分公司，並入總公司核算即可。發票壹般也就開據總公司的名稱即可。但是如果是跨省的分公司，需要分開來核算，發票擡頭必須為分公司。
分公司在管理上是二級法人，即沒有獨立的法人資格。但是在稅法上是必須分開來的。在總公司所在的主管稅務局做分配表，每季度交到各個分公司所在地稅務局。分公司和總公司在賬務上必須全部分開來做。所有的發票都是分公司的擡頭，科目設置與總公司壹致。
註意
如果不是同壹城市，那麽分支機構則需要就地預繳企業所得稅的，需要總機構先在其當地稅局定出分配比例，然後交由分支機構在當地備案，按其分配表交繳稅金會計分錄：
借：所得稅費用
貸：應交稅費——企業所得稅
繳納時：
借：應交稅費——企業所得稅
貸：銀行存款