代扣代繳稅款手續費退還操作流程:第壹步，登錄自然人電子稅務局(代扣端)，第二步，選擇退還手續費進行核對，第三步，點擊按鈕獲取“對賬單”和“單戶核對單”，分別核對、核對本單位上年度個人所得稅代扣代繳匯總和明細申報記錄，確認已繳(退)金額和入(退)庫時間是否正確。第四步，經過核對，稅務機關完成審核後，可以將相應的手續費返還到選擇的銀行賬戶。